本课题组于2022年由应用微生物课题组、生物转化课题组和嗜极微生物课题组合并成立，微生物资源与应用课题组主要研究微生物在人体健康、环境、食品、农业等方面的作用，对其中蕴藏的微生物资源进行调查、开发和应用。课题组现有专任教师12名，魏云林教授、严金平教授、伊日布斯教授、柳陈坚教授和张琦教授，李晓然副教授、陈媛副教授、杨恩副教授和郭军副教授，邱婧雯博士、曹静静博士和李姗博士。团队现有云南省中青年人才1人次，云南省兴滇英才2人次。课题组支撑生物学一级学科博士点的微生物学方向和生物化学与分子生物学方向，以及生物学一级学科硕士点的微生物学方向和生物化学与分子生物学方向。在读研究生、博士研究生共计67人。

在人体微生物组方面，课题组主要探讨微生物与肿瘤发生发展的相关性、微生物在生殖系统和胎儿发育过程中所起作用以及益生菌对调节人体微生物组所起到的作用，并在此基础上开发基于益生菌的高附加值健康产品；在食品微生物代谢产物及其代谢机理方面，主要研究食品来源益生菌的益生机理、利用益生菌制备生物活性肽、传粉蜂类肠道菌群及蜂产品营养功能挖掘及应用；在农业方面，利用疫苗、中草药、益生菌、噬菌体等多技术手段研发畜禽水产动物的无抗养殖模式、利用微生物和昆虫无害化和资源化处理粪便等有机废弃物，生产高蛋白动物饲料原料和生物有机肥，构建绿色循环农业技术体系；在环境微生物方面，课题组开展微生物的生物多样性、环境适应性机制、遗传进化和应用开发的研究、白腐菌漆酶等木质纤维素降解酶的多样性及基因表达调控的分子机制研究。

课题组承担国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金地区项目、国家863重点项目、云南省中青年后备人才项目、云南省“兴滇英才—青年专项”项目、云南省自然科学基金面上项目、云南省科技厅昆明理工大学“双一流”创建联合专项、科技开发、中日合作项目等50余项，发表SCI论文150余篇。

此外，本课题组开设了《基因工程》、《微生物学》、《生物化学》、《生物工程概论》、《创业基础》等本科生专业课程，《篆刻艺术欣赏与创作》、《改变生活的基因工程》等本科生素质课程，《基因操作原理和应用》、《应用微生物学》、《高级生物化学》等研究生课程。